Las pinturas en el templo de Flamacordis poseen una conocida leyenda propia de la región de Jalisco, en ella se relata el misterioso origen de tales pinturas, las cuales son realmente
hermosas, pero nadie sabe realmente quien las hizo. La leyenda cuenta que en un principio en aquella región solo estaba el templo, el cual habían recién terminado los frailes con mucho esfuerzo y dedicación, el día final de la construcción se presentó ante los padres un pequeño indito que les pidió si podía quedarse a dormir en el templo, los frailes dudaron, pues no querían que nadie esté cerca del templo recién terminado, pero al ver que se trataba de un indito pequeño que solo tenía su ropa puesta y un pequeño morral, vieron que no había peligro alguno, así que accedieron con la condición de que el pequeño se vaya apenas amanezca. Así sucedió, dejaron al indito en el templo y trabaron las puertas por fuera para que nadie más entrase. Al día siguiente fueron a despertar al pequeño, pero cuando abrieron las puertas no lo encontraron, no había nadie dentro y lo que vieron los asombró, las paredes estaban hermosamente cubiertas por pinturas de todo tipo, consideraron que un indito no podría haber realizado ese trabajo en solo una noche, así que presumieron que se trataba de un milagro, por eso colocaron la imagen del indito en el templo como muestra de agradecimiento y aun hoy se lo venera en aquel templo.